ІІ поверх:
Зал № 1 Історія формування музейних колекцій.
Зал № 2 Природа Миколаївщини з прадавніх часів.
Зал № 3-4 Природа Миколаївщини.
Зал № 5 Прадавня історія краю.
Зал № 6 Скіфи. Перші античні поселення в краї.
Зал № 7 Місто - держава Ольвія.
Зал № 9 Постантичні культури на теренах краю.
ІІІ поверх:
Зал № 10 Роль козацтва в освоєнні земель Північного Причорномор’я.
Зал № 11 Заселення Миколаївщини.
Зал № 12 Російсько-турецькі війни другої половини ХVІІІ ст.
Заснування Миколаєва. Край у ХІХ ст.
Зал № 13 Розвиток капіталізму в краї у другій половині ХІХ ст.
Зал № 14 Духовне та культурне життя краю в ХІХ – на початку ХХ ст.
Зал № 16 Миколаївщина у роки другої світової війни.
Зал № 17-18 Повоєнна відбудова і розвиток краю другої половини ХХ ст. - на початку ХХІ ст.